1623. spominje se franjevačka župa u Cerniku; župna crkva je crkva sv. Nikole u Zapolju.

1637. je fra Ivan Poljičanin cernički župnik; god. 1638. krizmao je biskup fra Jerolim Lučić 530 osoba u Cerniku.

1660. u kući uz crkvu sv. Leonarda stanuju fra Bernardin Imočanin i fra Đuro; vode cerničku župu i pripadaju samostanu u Velikoj.

1700. franjevci već borave u Cerniku; imaju drvenu kuću koju su podigli uz pomoć gospodarice Cernika Ane Marije Petraš.

1711. podignuta je drvena crkva koju su gradili fra Petar Ilončić, Franjo iz Sigeta i Antun iz Pečuha; zvona je nabavio negdašnji cernički župnik i vikar zagrebačkog biskupa za Slavoniju fra Mijo Domazetović (+1707).

1728. do 1735. fra Mijo Paunović (+1751), kasnije također vikar zagrebačkog biskupa za Slavoniju, podiže južno krilo današnjeg samostana.

1736. do 1744. Paunović je podigao crkvu sv. Petra; ima 7 oltara.

1750. Paunović je završio zapadno krilo samostana, a 1753. je fra Andrija Benačić počeo zidati istočno krilo.

1765. predao je fra Blaž Tadijanović (+1797) kao posljednji krajiški kapelan vojne posade u Novoj Gradiški tu službu svjetovnom svećeniku, novouspostavljenom župniku novogradiške župe. Tadijanović je godinu dana kasnije s brodskom regimentom krenuo u Sedmogodišnji rat, dragovoljno boravio u zatočeništvu s krajišnicima i u Magdeburgu (1761 ) objavio priručnik za učenje hrvatskog i njemačkog jezika Svašta po malo, iliti kratko složenje imena i riči kao i molitvenik Kita različnoga cvijeća.

1765. prestalo je radom nakon 8 godina filozofsko učilište; učilište moralnog bogoslovlja djelovalo je pak od 1770. do 1783. No, još 1739. u samostanu je bio tzv. profesorij, školsko-odgojni zavod za mlade franjevce prije filozofskog školovanja. Nastavnici tog profesorija privatno su iz godine u godinu poučavali i svjetovnu djecu i mladež. Medu mnogima je u Cerniku primio uz osnove pismenosti i znanje latinskog jezika slavonski književnik Matija Antun Relković (1732-1798) .

1777. zagrebački biskup Josip Galjuf posvetio je crkvu.

1788. u samostan je smještena vojna bolnica; god. 1789. pojavila se medu ranjenicima zaraza od koje je umrlo 8 cerničkih franjevaca.

1828. temeljito je popravljena crkvena zgrada.

1850. uklonjena su dva zadnja oltara iz crkve, sv. Magdalene i sv. Antuna, i postavljen kor.

1860. zapadno je krilo samostana pokriveno crijepom, zatim 1875. istočno i južno, a 1876. i crkva; prije su bili prekriveni hrastovim daščicama.

1896. potres je oštetio crkvu i samostan; uskoro su obnovljeni; 1908. , crkva je ponovno blagoslovljena.

1954. do 1978. novicijat je bio u zapadnom krilu samostana.