U ovom gradiću na lijevoj obali Une podno brda zvanog Djed boravili su franjevci i u predtursko doba, i to već od sredine 14. stoljeća. Pokroviteljstvo nad njima imali su gospodari grada, u 15. stoljeću Frankopani, a u 16. stoljeću Zrinski, sve dok 1556. grad nisu osvojili Turci.

• 1690. franjevci se vraćaju u Kostajnicu. Nakon što je kršćanska vojska oslobodila 1688. grad, ban Nikola Erdody omogućio je fra Pacifiku Dolovščaku podići drevni samostan i drevnu crkvu sv. Antuna. Franjevci su uspostavili župu u Kostajnici te u susjednim mjestima Zrinu i Sunji. Kostajničku župu preuzeo je 1706. biskup Martin Brajković i predao svjetvnom kleru.

•   1694. 20. svibnja, ubijen je kao mučenik kršćanske vjere od Turaka fra Ladislav Horvat; turska vojska ga je smaknula na drugoj obali Une.

• 1720. podigli su na ruševinama srednjovjekovnog samostana franjevci kapelu sv. Ane; u nju su smjestili oltar sv. Franje da ne padne u zaborav njihovo negdašnje boravište.

• 1726. počinje priprava za gradnju zidane crkve; od 1729. do 1735. gradnju vodi fra Dionizije Bizančić uz pomoć bana Ivana Palffya. Radove 1746. završava fra Bernardo Lacković.

• 1751. počinje gradnja novog samostana, i to dijela koji se naslanja na sakristiju crkve.

• 1753. postavljeni su u crkvi oltari sv. Antuna, sv. Barbare i sv. Franje; te oltare kao i propovjedaonicu 1764. pozlatili su i mramorizirali franjevački slikari Lazar Cvek i Luka Auleidner.

• 1764. počinje gradnja crkvenog tornja; završio ga je 1779. fra Venancije Turek.

• 1765. fra Anđeo Novosel vodi bratovštinu škapulara, a već ranije djeluje Bratovština franjevačkog pojasa.

• 1779. franjevci su učitelji na tzv. normalnoj školi; prvi puta se još 1742. spominje fra Baltazar Vrbančić kao učitelj; laički učitelji preuzimaju 1793. učiteljsku službu, ali je od 1789. do 1873. škola imala svoje učionice u samostanu.

• 1790. su državne vlasti dokinule samostan, ali odluka nije provedena; opozvana je tek 1801.

• 1794. vodili su kostajnički franjevci župe u Hrastovici, Krapju i Lonji, a kao kapelani djelovali u Sunji, Kalniku, Mariji Gorici i u Lipovljanima. Poslije 1804. vraćaju se u samostan.

• 1797. nabavljene su sadašnje orgulje; djelo su Antuna Scholza.

• 1885. predao je banjalučki biskup fra Marijan Marković samostanu vodstvo župe u Bosanskoj Kostajnici. U filijali Dobrljin 1933. podignuta je crkva sv. Križa. God. 1972. tu je župu biskup povjerio svjetovnom kleru.

• 1890. zvonik crkve se obnavlja uz pomoć Gradskog poglavarstva nakon što je oštećen uslijed pogodka groma.

• Tijekom II. svjetskog rata zvonik je bio meta bombardiranja vojske stare Jugoslavije iz Bosne kao i meta savezničkog bombardiranja; obnovljen je tek početkom pedesetih godina.

• 1991. nakon okupacije Hrvatske Kostajnice Srbi pljačkaju i pale samostan i crkvu te miniraju zvonik.

• Od 1995. građani Hrvatske Kostajnice u organizaciji Poglavarstva grada te uz pomoć dobrih ljudi iz različitih udruga grada Zagreba čiste ruševine samostana i crkve.

• 1996. franjevci peruzimaju župu sv. Nikole Biskupa. Započinje obnova crkve i samostana.

• Od 1996. do 1998. mise se održavaju u privremenom župnom uredu u kući Maraković.

• 1998. Gradsko vijeće Grada Hrvatska Kostajnica proglašava 13. lipanj, blagdan sv. Antuna Padovanskog, za Dan Grada

• 1998. Gradsko poglavarstvo darovalo je samostanu srebrni križ.

• 1999. Gradsko vijeće zbog osobitih zasluga u povratku života i duhovnoj obnovi Grada u povodu Dana Grada dodijelilo je fra Antunu Hajmileru najviše gradsko priznanje "Povelju Grada".

• 13. lipnja 2000. sv. misu  u povodu blagdana sv. Antuna i Dana Grada predvodio je nadbiskup zagrebački  Josip Bozanić.

• 20. srpnja 2000. posvećeno je novo zvono.

Današnji djelokrug samostana u Kostajnici uključuje naviještanje i dijelenje sakramenata u samostanskoj crkvi, pastoralnu pomoć obližnjim župama i čuvanje kulturne ostavštine koja je nastala djelovanjem crkve i samostana.